台湾与巴布亚纽几内亚建交款遭中间人侵吞疑案，已有三位民进党阁员邱义仁、黄志芳及柯承恩请辞，蓝营立委认为，总统陈水扁职掌国安系统，应立即开记者会说明，民进党立院党团希望检调尽速彻查，五二０前能真相大白。
民进党立院党团强调，行政院副院长邱义仁、外交部长黄志芳及国防部副部长柯承亨三位阁员请辞，表示他们愿意扛起责任，面对司法调查。民进党希望检调勿枉勿纵，应该办到哪个层级就办到哪个层级。如果五二０前无法真相大白，也希望总统当选人马英九内定的法务部长王清峰能秉公处理，将真相公诸大众。
国民党立委则认为，到目前为止，大家都不清楚当初是谁交办台巴建交案，是总统交办、邱义仁专断交办，或是黄志芳说谎，国安会跟总统府和陈水扁总统都都应该立即给台湾人民一个交代。
对此，民进党党主席参选人辜宽敏竞选办公室执行长陈师孟表示，由于邱义仁跟黄志芳的说词还有些不清楚，他怀疑背后还有知情人士
陈师孟：“既然他们两位还没有讲清楚的话，是不是后面还有一个操盘的，或者还有一个更知情的，这两条线会不会汇集到另外一个更高层次，这个我是有这样一个怀疑，但是，是不是陈总统，我完全不知道”
民进党党籍立委蔡煌琅：“总统有没有责任，我希望在司法调查告一段落之后，再来评论。”
蔡煌琅希望各界能给陈水扁总统一点尊严跟空间，未来他将在立法院提案将外交透明化，他也呼吁国、民两党联手防范秘密外交的后遗症，。
新唐人亚太电视 陈进交 林洪 台湾台北采访报导
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